睿智国际研究会实行委员会领导下的主任负责制。委员会作为研究管理机构，下设管理行政事务的秘书处和研究活动的研究中心。研究中心暂时由4个研究室组成，一是国际安全与战略研究室，主要研究国际关系中的战略、安全问题，涉及国家军事、经济、外交等方面的政策制定和实践；二是国际政治经济研究室，主要研究国际经济关系中的政治、经济、贸易等问题，关注全球化、国际组织和政策制定等方面；三是国际组织与全球治理研究室，主要研究国际组织的发展、作用以及全球治理的相关问题，如联合国、世界贸易组织等国际组织的政策制定和实践；四是东亚方向研究室，侧重于东亚地区地缘政治和国际关系研究，探索不同国家间的政治、经济和文化关系及如何相互影响。